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Die Gaumenmandel liegt beidseits in einer Nische, die von den Gaumenbögen begrenzt wird. Eien Kapsel umgibt das Organ, von der Septen tief ins Innere der Mandel hineinziehen.

Die Gaumenmandel ist von mehrschichtigem unverhornten Plattenepithel überzogen und mit Krypten versetzt.
Im Lumen der Krypten finden sich Reste von toten Epithelzellen (Detritus).

Unter dem Kryptenepithel finden sich Sekundärfollikel (B-Zone). Die interfollikuläre Zone enthält T-Lymphozyten.

Besonders hervorzuheben ist das Epithel über den Lymphfollikeln, das follikelassoziierte Epithel. Die Basallamina ist hier unterbrochen, das Plattenepithel scheint aufgelöst. Außerdem sind M-Zellen zu finden, die Antigene durch die Epithelbarriere schleusen.
Kommt in einem Organ organisiertes lymphatisches Gewebe in der lamina propria vor, wird dies zum System des MALT (mucosa associated lymphoid tissue) gezählt.

Besonders für das MALT ist die Produktion von lgA Antikörpern durch die dort ablaufenden Immunreaktionen. Sie werden auf die mukosa Oberfläche befördert und dienen als Schutzanstrich.
Organe des MALT besitzen efferente, aber keine afferenten Lymphgefäße.
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