Der Schichtenbau der Dünndarmwand zeigt drei Besonderheiten:
1. Tunica mucosa und Tela submucosa sind in konstante Falten aufgeworfen, die man als „Kerckring-Falten/Plicae circulares“ bezeichnet- außer am Bulbus duodeni.
2./3. ist die Mukosa durchsetzt aus einer Kombination von Zotten (Villi iintestinales) und Lieberkühn- Krypten: „Zotten“ sind Erhebungen, gebildet durch das einschichtige Zylinderepithel und die Lamina propria. Das durch Tight junctions verbundene Epithel besteht hier vorwiegend aus Enterozyten und dazwischen liegenden Becherzellen. Jede Zotte enthält Arteriolen, die in fenestrierte Kapillaren münden, sowie eine zentrale Venole und ein axiales Chylusgefäß. Außerdem kommen in der Lamina propria viele freie Zellen der Abwehr vor. „Krypten“ sind tubulöse Einsenkungen, die zwischen den Basen der Zotten münden und bis zur Lamina muscularis mucosae reichen. Das Kryptenepithel, ebenfall durch Tight junctions gekoppelt enthält weitere sekretorische Zellen, wie Paneth-Körnerzellen, die Lysozym sezernieren, und undifferenzierte Stammzellen zur Zellerneuerung.
In der gesammten Lamina epithelialis kommen enteroendokrine Zellen vor, die Peptidhormone und biogene Amine sezernieren. Sie ist von Bürstensaum bedeckt, der eine für die Resorptionsvorgänge wichtige Oberflächenvergrößerung mit sich bringt.
Die Tela submucosa enthält scherengitterartig angeordnete Kollagenfasern und elastische Fasern. Hier kommen muköse tubuloalveoläre Brunner- Drüsen (Glandulae duodenales) vor, meist in Gruppen. Ihre Ausführungsgänge münden in den Krypten. Sie sezernieren Muzine, einen Trypsinaktivator und Bicarbonat.
Die Tunica muscularis des Duodenums besteht aus einem Stratum circulare und einem Stratum longitudinale. Sie ermöglicht Pendel- und Segmentierungsbewegungen und Peristaltik zum Transport der Nahrung.
Pars superior duodeni ist von Serosa überzogen, der Rest ist von Adventitia umgeben.